Juan Ignacio San Martín nació en la ciudad de Buenos Aires el 24 de agosto de 1904, hijo de Francisco San Martín y María Eugenia Palette. Realizó sus estudios primarios en la escuela nº 19 del barrio de Flores y los tres primeros del secundario en el Colegio Mariano Moreno. En 1921 ingresó como cadete en el Colegio Militar de la Nación de donde egresó, en 1924, como subteniente de artillería. Su primer destino fue el Segundo Grupo de Artillería a Caballo de Campo de Mayo.
El 24 de noviembre de 1927 contrajo matrimonio con Leonor Leiva Castro y el 31 de diciembre ascendió al grado de teniente.
En 1928 fue destinado a realizar el Curso Superior en el Colegio Militar de la Nación de donde egresó en 1931 con la especialidad aerotécnica, formación que le permitió ingresar a la Fábrica Militar de Aviones de Córdoba. En octubre de ese año fue enviado en comisión a estudiar en el Real Instituto Politécnico de Turín donde se recibió de ingeniero industrial. A fines de 1931, fue ascendido a teniente coronel y, en 1934, el Ejército Argentino le otorgó el título de ingeniero militar. Al año siguiente recibió el doctorado en Ingeniería Aeronáutica otorgado por el Politécnico de Turín. Poco después, el 31 de diciembre ascendió al grado de capitán.
Su carrera militar dentro del ejército siguió en ascenso hasta que luego de la creación de la Fuerza Aérea se le otorgó el grado de vicecomodoro. Para ese entonces ya se desempeñaba como director del Instituto Aerotécnico y ejercía la docencia en la Escuela de Mecánica del Ejército donde dictaba la materia Elementos de Aerodinámica.
En 1945 el gobierno nacional lo nombró director de la Comisión de Adquisición de materiales para el Instituto. Posteriormente, en 1947, fue ascendido a brigadier del cuerpo técnico dentro del escalafón de ingenieros de aeronáutica.
Gobernador de Córdoba y presidente de IAME
El 8 de diciembre de 1948 fue elegido gobernador de la provincia de Córdoba por el Partido Peronista, por lo que abandonó su puesto de director del Instituto Aerotécnico, aunque mantenía una tarea de supervisor.
El 31 de diciembre de 1950 fue ascendido a brigadier mayor. Al año siguiente el presidente Perón lo designó ministro de Aeronáutica. Por su iniciativa, se creó IAME (Industrias Aeronáuticas y Mecánicas del Estado), empresa nacional destinada a dar impulso a la producción local de autos, motos y tractores, de la que fue designado presidente.
Se mantuvo en esos cargos hasta el golpe de Estado de septiembre de 1955. Acusado en algunos medios de corrupción, se presentó voluntariamente en el Ministerio de Aeronáutica para ser investigado. Inmediatamente, fue detenido acusado del delito “Contra el honor militar y actividades políticas subversivas” y sometido a juicio por el Consejo Supremo de las Fuerzas Armadas. En 1957 fue sentenciado a cumplir la pena de reclusión por tres años. Entre 1955 y 1958 estuvo preso en los buques “Washington” y “París”, en el penal de Magdalena y en la cárcel de Ushuaia. Fue enviado nuevamente a Magdalena hasta que fue liberado por el gobierno del Dr. Arturo Frondizi. En 1960, la justicia federal lo absolvió de todos los cargos por los que fuera acusado, dejando constancia de que nunca había sido procesado.
Una vez en libertad volvió a radicarse en Córdoba donde se dedicó a distintas actividades industriales, hasta que en 1964 sufrió un grave accidente cerebro vascular que comprometió seriamente su salud. En 1966 se trasladó a Estados Unidos para someterse a un tratamiento quirúrgico a manos del prestigioso especialista Michael de Bekay. Sin embargo, no pudo recuperarse y falleció en el Methodist Hospital de Houston, Texas el 16 de diciembre de 1966.
